ศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ เริ่มก่อตั้งภายในคณะเศรษฐศาสตร์และบริหารธุรกิจ เมื่อต้นปี พ.ศ. 2517 และได้รับความเห็นชอบจากสภามหาวิทยาลัย ให้จัดตั้งและดำเนินการภายในคณะเศรษฐศาสตร์และบริหารธุรกิจ ในการประชุมครั้งที่ 6/18 เมื่อวันที่ 11 กรกฎาคม พ.ศ.2518 โดยใช้ชื่อว่า “ศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์” และเขียนย่อว่า “ศวศป.” ต่อมาศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ ได้รับการบรรจุเข้าในแผนงานของสถาบันวิจัยและพัฒนาแห่งมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์เมื่อวันที่ 30 พฤษภาคม พ.ศ.2528 ภายใต้ฝ่ายประสานงานศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ ในปีพ.ศ. 2535 คณะเศรษฐศาสตร์ได้เสนอศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ เป็นหน่วยงานวิจัยของคณะเทียบเท่าภาควิชาในแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ฉบับที่ 7

ครั้นต่อมาในปี พ.ศ. 2538 ได้มีการวางระเบียบและระบบโครงสร้างของศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ใหม่ศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ ภายใต้คณะเศรษฐศาสตร์ ทำหน้าที่ในการบริหารจัดการงานวิจัยของคณะเศรษฐศาสตร์ และสนับสนุนงานวิจัยของคณาจารย์ในคณะเศรษฐศาสตร์ ศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ มีการดำเนินงานโดยผู้อำนวยการศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ ซึ่งมาจากการเลือกตั้งโดยมีวาระ 2 ปี และมีการบริหารงานในรูปคณะกรรมการศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ ภายใต้การประสานงานของภาควิชาเศรษฐศาสตร์เกษตรและทรัพยากร ภาควิชาเศรษฐศาสตร์ และภาควิชาสหกรณ์

วันที่ 15 กันยายน พ.ศ. 2549 คณะเศรษฐศาสตร์ได้มีประกาศเรื่องการบริหารศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ฉบับใหม่ โดยมีสาระสำคัญคือ ให้ศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์เป็นหน่วยงานกลางของคณะฯ ในการรับงานวิจัยที่ดำเนินการโดยคณาจารย์คณะเศรษฐศาสตร์ในระดับคณะ และเป็นแหล่งให้บริการในด้านงานวิจัยแก่คณาจารย์ในคณะฯ มีหน้าที่ประสานงาน และอำนวยการบริการความสะดวกให้แก่โครงการวิจัยต่างๆ ที่นำเข้ามาสู่คณะเศรษฐศาสตร์ ผู้อำนวยการศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์จะได้รับแต่งตั้งจากคณบดีคณะเศรษฐศาสตร์ โดยมีวาระเท่าคณบดี คณะกรรมการศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ มีหน้าที่ดำเนินการตามหน้าที่ที่ได้รับมอบหมาย ซึ่งประกอบด้วย อาจารย์ที่คณบดีเสนอชื่อ 1 คน คณาจารย์ผู้แทนจากภาควิชา ภาควิชาละ 1 คน และผู้อำนวยการศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ เป็นประธานกรรมการโดยตำแหน่ง ผู้อำนวยการศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์ สามารถเสนอแต่งตั้งรองผู้อำนวยการได้ไม่เกิน 2 คน โดยผ่านความเห็นชอบของที่ประชุมคณะกรรมการประจำคณะเพื่อเสนอคณบดีแต่งตั้ง โดยมีวาระการดำรงตำแหน่งตามวาระของผู้อำนวยการศูนย์วิจัยฯ และได้ยกเลิกประกาศคณะเศรษฐศาสตร์ เรื่องการบริหารงานศูนย์วิจัยฯ ฉบับลงวันที่ 30 พฤศจิกายน 2547

ปรัชญา วิสัยทัศน์ พันธกิจ วัตถุประสงค์ ของศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์

ปรัชญา
ส่งเสริมและพัฒนางานวิจัยและงานบริการวิชาการด้านเศรษฐศาสตร์ เพื่อกระจายองค์ความรู้ซึ่งนำไปสู่การพัฒนาอย่างยั่งยืนในทุกระดับของประเทศ

วิสัยทัศน์
เป็นองค์กรที่เสริมสร้างงานวิจัยและงานบริการวิชาการด้านเศรษฐศาสตร์ที่ตอบสนองและรับผิดชอบต่อสังคม

พันธกิจ
1. ส่งเสริมและพัฒนาองค์ความรู้ทางด้านเศรษฐศาสตร์ และงานบริการวิชาการที่มีคุณภาพและมีส่วนร่วมในการพัฒนาชุมชนและสังคม
2. พัฒนาองค์กรและบุคลากรให้มีศักยภาพ เพื่อให้เกิดความพร้อมและมีจิตส านึกร่วมกันในการประกอบภารกิจของศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์

วัตถุประสงค์
1. ให้บริการในด้านการวิจัยที่เกี่ยวกับเศรษฐศาสตร์เชิงพื้นฐาน (Basic Economic Research) และเชิงประยุกต์ (Applied Economic Research)
2. จัดประชุม สัมมนา และฝึกอบรมแก่บุคลากรขององค์กรต่างๆ ทั้งภายในและภายนอกประเทศ
3. ส่งเสริมและเผยแพร่งานวิจัยที่เป็นประโยชน์ต่อการเรียนการสอนและต่อสังคม
4. ส่งเสริมให้อาจารย์และนิสิตของคณะได้ร่วมงานวิจัยเพื่อสร้างเสริมประสบการณ์และความสามารถด้านประยุกต์ (Applied Economic Research) การวิจัย รวมทั้งสร้างความร่วมมือทางวิชาการกับหน่วยงาน สถาบันทั้งภายในและภายนอก
5. พัฒนาระบบการบริหารจัดการขององค์กรและบุคลากรของศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ประยุกต์เพื่อให้เกิดความพร้อมและมีจิตสำนึกร่วมกันในการดำเนินภารกิจ